RNAの品質確認
バイオアナライザーという機械でRNAの品質を確認。
28Sと18Sのピークがシャープで、ベースラインが低いことが分解されていない高品質のRNAであることを示しているらしいのだが・・・。
ソフトによると28Sに相当するピークがないと判断され、非常に劣化したRNAであると判断されてしまう。このサンプルはRIN(RNA Integrity Number)=5.1と判断された。(RIN>8以上が理想)
実はこれは昆虫に特有の現象らしく、測定前の温度処理(2本鎖を1本鎖にする)によって28Sが2つに分解されてしまうらしい。そのせいで18Sとオーバーラップしてみえるという。
波形から見て、おそらく今回のサンプルはほとんど問題ないはず。
以下の論文に説明がある。
- Winnebeck EC, Millar CD, Warman GR (2010) Why does insect RNA look degraded? Journal of Insect Science 10: 159.