KY BLOG

昆虫と微生物の研究とアート

研究

学会

藤沢で行われた学会(応動昆)に参加。発表は最終日の小集会で、そのあと飲みで10時ごろまでいたので、つくばについたのは夜中の1時。 疲れたけど、みんなに会ってとても刺激になった。

カイコの写真

週末、花見もせず学会の準備をしながら、なぜかこういう切羽詰まった時に限ってカイコの写真を撮ってみたり・・・。

マイクロアレイ

ようやくマイクロアレイ用のサンプルが準備できた。純度や濃度なども問題なし。来月上旬に実験の予定。

Bombyx mori

カイコの飼育は楽しい♪ (ただし膨大な数を飼育しなければ・・・笑)

サイエンスカフェ

研究所の一般公開の時に一般向けに話をすることになりました。 http://www.nias.affrc.go.jp/science_comm/cafe/20130419/ サイエンスカフェといって、お茶などを飲みながらサイエンスの話を聞く会のようです。準備しておかないと。面白く話すってなかなか難…

共焦点

Hoechstで染色。核のまわりのつぶつぶはボルバキアのはず(たぶん)。

投稿論文の現状

年明けに投稿した論文3つの現状。 1つ目は、リジェクト。うーん。投稿した雑誌のレベルが高すぎたようだ。ぎりぎりのラインだと思ったのだが、インパクトが薄かったんだろうな・・・。仕方がない。レフェリーのコメントに参考にして原稿を修正し、先日、も…

オランダの科研費

オランダの科研費の審査は予想以上に大変だった。内容をちゃんと理解するにも労力がかかったし、たくさんの質問に答えていかないといけないので予想以上に時間がかかった。結局、研究室に泊まってしまった(汗)。おかげで翌日はちょっとフラフラ・・・。 日…

寒天培地

目的のものが殖えているかどうかを、いまから確認。 確認したら別ものでした。そんなにうまくはいかないです。

細胞実験

今日は細胞実験のサンプリングの日。午後は定量PCR。 今日で定量PCRのデータがすべて出揃った。いまから解析。

リアルタイムPCR

昨日からリアルタイム定量PCRによって細菌量をはかっています。 材料はクサカゲロウ。機械はRocheのLC480。試薬代が高い。 いまのところ、とてもきれいなデータが取れています。 このままうまくいけば明日には終われるはず。

3本目投稿

3本目の論文を投稿した。これで完成済みの原稿はとりあえず処理できた。でも近日中に書き上げないといけない原稿がまだ何本か溜まっている。

電子顕微鏡

今日は、電子顕微鏡観察用の試料作製を教わった。 今回は、フリーズフラクチャー法という切片を作らない簡便法。マイナス180度の真空中で凍結試料を割断後、白金(プラチナ)を蒸着するという方法。できた試料はTEM(透過型電子顕微鏡)で観察。目的のものを…

DNAを送付

オーストラリアの研究者にDNAを送った。DNAを入れたエッペンチューブをパラフィルムで巻いて、プチプチのクッションでくるんで封筒に入れてふつうの国際郵便で。いまはDNAを送るだけでも検疫の許可文書のようなものがいるらしく、送られてきていたPDFをプリ…

いろいろ実験

今日は、培養細胞のサンプリングの日。 サンプリングした細胞は液体窒素で瞬間冷凍させた後、マイナス80度で保存。 クサカゲロウからのDNA抽出を終わり、午後は培養細胞からのRNA抽出。

2本目投稿

昨日はモツ煮料理のお店に行った。日本酒を飲んだせいなのか、モツ煮のせいなのか、今日はお腹の調子が最悪・・・。 2本目の論文を投稿した。

投稿した

まず1本目。ちょっと面倒な電子投稿システムに翻弄されながらも、ようやく投稿できました。無事掲載されるといいな。

審査

オランダ科学研究機構(NWO)から科研費審査の依頼がきたので引き受けることにした。

昆虫細胞の培養

別の実験棟にて特別な細胞の培養実験をしているのだが、今日は週に一回のサンプリングの日。

原稿完成

今日、さらにもう一本投稿論文の原稿完成。まず、共著者の一人に送付した。

学会要旨

講演要旨を提出した。よく考えたら小集会での講演は初めてかも。

終わった~

もう一本の論文も書き終わって、共著者に送付! すっきりした~(笑)

論文原稿を書き終えた

昨日は、長く放置してしまっていた論文原稿を書き終え、共著者に送った。 今日は、もう1本の論文の仕上げにかかっている。できれば今日中に共著者に送りたい。

新発見?

夕方ヨガをやってから、ラボに戻り、実験再開。電気泳動の結果を確認。もしかして、新発見!?詳しくは書けないが、もしこれが本当だったらすごい! あまり期待せずに、慎重に進めていきます。

RNAの品質確認

バイオアナライザーという機械でRNAの品質を確認。 28Sと18Sのピークがシャープで、ベースラインが低いことが分解されていない高品質のRNAであることを示しているらしいのだが・・・。 ソフトによると28Sに相当するピークがないと判断され、非常に劣化したRN…

シーケンスの必要が・・・

もう終わりだと思っていた投稿論文だが、シーケンスを追加する必要が出てきた。あと少し・・・。

科研費

培養細胞はいい感じで増えている。1回目のサンプリング終了。うまくいくかな? 科研費申請書の内容について、研究所の幹部の一人にとても面白いし、いいテーマだと思うと言ってもらえた。うまくいったら研究所の成果として出しやすい内容だしな(なんとなく…

論文

論文書きに集中しないといけないのに、つい実験とか雑用をしてしまう。もうちょっとなのに・・・。

科研費申請書提出

やっと出せた。当たればいいな。

共焦点レーザー顕微鏡

最近、研究所にカールツァイスの新しい共焦点レーザー顕微鏡LSM700が入ったのだが、今日その説明会に行ってきた。いままで共焦点レーザー顕微鏡はほとんど使ったことがなかったんだけど、撮れる画像が本当にきれいでなんか楽しそう。

科研費

今回の科研費申請はまったく新しいテーマにしようかと検討中。そんなことして間に合うのか・・・。

科研費

科研費申請書の所内締切が近づいてきた(汗)

ワラジムシ類からのDNA抽出

昨日はワラジムシ類70頭からDNA抽出をおこなった。使ったキットは、QiagenのDNeasy Tissue Kit。

培養細胞

培養細胞の調子がすごくいい。来週あたりから実験が始められそうだ。

培養細胞

ある系統の培養細胞がうまく扱えてなくて実験が進められていなかったので、今日から細胞の専門家に直接見てもらうことにした。今日から、毎週1回程度お世話になります。今度こそちゃんとしたデータがとれますように。

研究のこと

最近研究のことを書いていないので、書いてみることにした。 いまやっている実験 カイガラムシの染色体観察 培養細胞内に共感染した細菌を分離する試み 細胞内共生細菌とDNAメチル化に関連があるかを調査 ワラジムシ類からの共生細菌の検出 やっていることが…

タンパク質分解酵素を使わないDNA抽出

純度の高いDNAが必要ではないときは、よくProteinase Kとよばれるタンパク質分解酵素で細胞や組織を処理し、遠心したあとの上清を用いることが多い。 Looke M, Kristjuhan K, Kristjuhan A (2012) Extraction of genomic DNA from yeasts for PCR-based appl…

スピロプラズマのペレット

スピロプラズマを感染させた昆虫細胞はすぐにボロボロになって死んでいく。下の写真は遠心してペレット状にしたもの。おそらく、下層は死んだ細胞、上層はスピロプラズマだと思われる。 下の写真は、スピロプラズマを培地だけで培養したもの。きれいなペレッ…

定量PCR

久しぶりにリアルタイムPCRをおこなった。リアルタイムPCRとは、PCRによる増幅サイクルの途中に毎回、産物の量を蛍光で読み取ることによって増幅曲線を描き、その増幅曲線の形からもとのDNA量を推定する方法だ。定量PCRともいう。茶色の曲線は、濃度のわかっ…

スピロプラズマ

ある昆虫の卵巣内に共生しているスピロプラズマの培養を試みている。最初は昆虫の培養細胞と一緒に培養をしていたのだが、どうやら昆虫細胞なしでもスピロプラズマが培養できるみたい。これが本当に全部スピロプラズマなのかどうかを確認する必要がある。上…

増殖するスピロプラズマ

ショウジョウバエの細胞を餌にして大増殖するスピロプラズマ。まるで大腸菌のように白く濁っている。もはや共生細菌とはいえない。

細胞内共生細菌

ショウジョウバエの細胞にチョウ由来の共生細菌Wolbachiaを人工的に感染させた。 これはその細胞を共同研究者に撮ってもらった写真。 左が非感染細胞。右が感染細胞。大きな青は核、つぶつぶの青はWolbachia(DAPI染色でDNAを染色)。赤は細胞骨格(Rhodamin…

ガラスビーズで細胞破砕

昆虫の培養細胞を破砕するためのガラスビーズを探している。 細胞をしっかり壊さないとちゃんとRNAがとれないのだ。大きさ(直径)の選定だが、ネットで調べると一般には0.1-0.15 mm: バクテリア 0.5 mm: 酵母や真核細胞 1 mm: 動物・植物組織となってい…

体内に共生する微生物の巧妙なわざ 〜細胞質不和合について〜

昆虫の細胞内には、ミトコンドリア、ゴルジ体、小胞体などの細胞内小器官以外に、細菌などの微生物が共生している場合がある。特に、ウォルバキアと呼ばれる細菌(Wolbachia pipientis)は全昆虫種の約66%に共生していると推定されており*1、地球上で最も繁…

大学院生に贈るささやかなアドバイス

本気で研究者になるために、大学院時代に何をすべきか?一流の研究者によって書かれた正直で真摯な意見が書いてあるページをみつけたのでリンクしておきます。 Some modest advice for graduate students(by Stephen Stearns) この文章は、1976年にカリフォ…