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KY BLOG

昆虫と微生物の研究とアート

研究

Wolbachia MLST よく使うページ

宿主の学名から検索 アリル間の比較

メス化と単為生殖

Ma WJ, Pannebakker BA, van de Zande L, Schwander T, Wertheim B, Beukeboom LW (2015) Diploid males support a two-step mechanism of endosymbiont-induced thelytoky in a parasitoid wasp. BMC Evol. Biol. 15(1):84. [Epub ahead of print] やはりそ…

ヒートマップ

RNA-seqのデータをもとに、共同研究者にヒートマップを作っていただいた。示したかったことがきれいに表現できていて、とても嬉しい!

メス化とはいえない?

Biology Lettersにアクセプトになった論文の内容を簡単に説明しておきます。キチョウでは、オスの染色体を持った個体がボルバキアによってメスに性転換されていると思われていたのだが、実はそのような個体の染色体はオス型ではなくメス型であることがわかっ…

Publons

今まで依頼された査読を引き受けて、返したあと、一応その内容をPCに保存していたが、Publonsという以下のサイトに登録しておくとネット上にその内容を保管しておくことができる。どの雑誌の査読を行ったのかを時系列でみることができる。内容は非公開に設定…

嬉しいニュース2つ目

共同研究者から科研費に受かったという連絡を受けた。ありがたい話です。分担者として頑張らせていただきます。

嬉しいニュース

オーストラリアとの共同研究の内容がBiology Lettersにアクセプトになった! "・・・・" has been accepted for publication in Biology Letters subject to minor revision in accordance with the referee suggestions. タイトルなども少し変える予定なの…

【シンポ】昆虫を操作する寄生者たち

来月4月12日(日)に立教大学(池袋)にて、下記の日本生物地理学会大会シンポジウムを開催します。 【名称】日本生物地理学会第70回年次大会シンポジウム 昆虫を操作する寄生者たち-分子メカニズムから生態系に与える影響まで-【企画】陰山大輔(農業生物…

ミミイカの発光細菌

ハワイの海に、ミミイカという親指ほどの大きさのイカがいる。この小さなイカの体の底面には、発光器官があってそこから光を発する。この発光器官には共生細菌がぎっしりつまっていて、それが光を発している。 このイカと発光細菌の関係を長年研究して様々な…

インジェクション

今日はカイコの幼虫にいろんな細菌をインジェクションした。

朝日新聞

朝日新聞に載りました。2か月ほど前に記者のかたから突然電話がかかってきて、取材を受けたのですが、記事の内容については一切教えてくれず(新聞社のポリシーらしい)、4/3の朝刊に載ることを前日知らされました。研究成果の紹介ではないので少し恥ずかし…

節足動物って

昆虫を使った研究をやっているのに、恥ずかしいことに節足動物の基本的な分類を正確に知らなかったのでまとめてみた。 節足動物門 鋏角亜門 Chelicerata(クモ・ダニ・サソリなど) 多足亜門 Myriapoda(ムカデ・ヤスデなど) 甲殻亜門 Crustacea(カニ・エ…

希釈培養

共生細菌を希釈して培養してみた。培地にフェノールレッドを入れているので、増殖が進むと黄色に変わる。107希釈あたりが限界のようだ。 クローン化できているだろうか。このあと放置しても赤色のウェルは赤色のままだった。

Influential Passenegers

ボルバキア研究の歴史的なことについては、やはりこの本が役に立つ。大学院生のころによく読んでいたので手垢で汚い・・・。 Influential Passengers: Inherited Microorganisms and Arthropod Reproduction 作者: Scott L. O'Neill,Ary A. Hoffmann,John H.…

GoTaq G2

今日業者のかたに教えてもらったが、プロメガGoTaqの第2世代であるGoTaqG2が出ているらしい。GoTaqはかなりの安価で増幅感度も良い酵素なので気に入っている。この酵素は他の会社のものと比べてとにかく安くいいのがいい。増幅感度もかなりいい。Fidelityは…

プレゼン準備終わった

明日は所内の提案型研究課題の成果報告会などだが、やっと今、一応プレゼンの準備が終わった。研究の手法は「次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析」という、なんだか自分には似つかわしくないような感じだけど、とりあえず膨大なデータから…

取材

今日は新聞社からの取材を受けた。2時間ぐらいいろいろ喋った。内容は、宿主の生殖を操作する共生細菌ボルバキアが宿主の生態や行動や進化にどんな変化を及ぼすのかについて。うまく説明できたかどうか少し心もとないけど、記者のかたが面白い記事にしてくれ…

提出

報告書を提出した。短い書類だったのでなんとかまとめたが、月末にはプレゼンがあるのでその時までにもっと詳しく解析をしておきたい。今後の進め方も考えておかないといけない。

査読1本目終了

今日締切の査読がやっと終了。すばらしい内容で実験もしっかりしているし、論理構成も完璧でまったく文句なし。雑誌のランクがそれなりに高いとしっかりした内容の原稿が集まりやすいんだろうなあ(当然か・・・)。ちなみに今回は中国からの投稿でした。あ…

査読

頼まれていた査読が3本もたまっている。早く終わらせないといけない。

セミナー

この週末は岡山大学でのセミナーで3時間話させていただいた。若いエネルギーにさらされて久々にずいぶん刺激を受けた。下手なプレゼンを3時間も熱心に聞いてくれたことに頭が下がる思いだ。 今の職場(グループ)では自分が最年少だが、大学ではほとんどの人…

Host Manipulation by Parasites

注文していた本が今日届いた。2012年に出版された本で、タイトルは日本語にすると「パラサイトによる宿主操作」。面白そうだ。知らない話題もたくさん載っているようなので、少しずつ読んでいこうと思う。表紙の絵もいい。 224ページと、思ったより薄い。 Ho…

ウイルス

ダンゴムシのウイルスを感染させた昆虫細胞。ウイルスのせいで細胞が壊れているのかもしれない。 Wikipediaより 細胞変性効果(さいぼうへんせいこうか、cytopathic effect; CPE)とはウイルスに感染した培養細胞にみられる形態変化のこと。 光学顕微鏡下で…

ダンゴムシ注射

今日の夕方はKさんがダンゴムシを持って来て、前々からこちらで増やしておいたウイルスを注射した。少なくとも前回よりもうまくいった気がする。成功するといいな。今回はKさんを講習生としての受け入れ手続きをしたから研究所の広報室の人が2人も来て写真を…

遺伝子見つけた

今日はRNAseqのデータのなかから重要な遺伝子を拾い上げることができた。これはRNAseqのメインの目的ではないのですが、小さな目的が達成できれとりあえず良かった。まだまだこれからです。

卵のインジェクション

今日はカイコ卵へのインジェクション。前回のインジェクションで少し面白いことがわかりつつあるので、今回はその追試とさらなる実験を追加する予定。カイコ卵へのインジェクションについては別の研究ユニットに方々に毎回お世話になっています。本当にあり…

RNAseq

RNAseqのデータが返ってきた。まだなんとも言えないけど、大量のデータが手に入ったことは確かだ(笑)。これからバイオインフォマティックス専門のかたに協力してもらいながら解析を進めていく予定。

ボルバキアの感染移植リスト

ボルバキア感染移植に関する総説が出ていた。 Hughes GL, Rasgon JL (2013) Transinfection: a method to investigate Wolbachia-host interactions and control arthropod-borne disease. Insect Molecular Biology (link) 宿主昆虫の生殖を操作するボルバ…

アクセプト

先日再々提出した論文の結果が返ってきた。 I am pleased to inform you that your work has now been accepted for publication in Microbial Ecology. Thank you for submitting your work to this journal. With kind regards この言葉は何回聞いても嬉し…

投稿論文

先月再提出した論文の審査結果が返ってきた。 Reviewers have now commented on your paper. Some minor revisions have been suggested. If you are prepared to make the revisions, I would be pleased to consider publication. よかった~。結構手こず…

海産無脊椎動物

海にいる無脊椎動物の共生細菌を調べてみることになり、今日サンプルをたくさん頂いた。やることがたくさんあるが、結果が楽しみだ。

マイクロインジェクション

今日はハエのマイクロインジェクション!結果が楽しみだ。

布ポスター

布ポスターはいい。折りたたんでもって行けるので嵩張らないし、写真などもきれいに印刷できる。ネットで見つけた会社に注文し、PDFファイルを午前中にアップロードしたら、翌日の午前中に届いた。すごく早くて助かる!しかも安い! http://www.poprint.net/…

プライマー作成ソフト

これは便利かも。Windows用 Villard and Malausa (2013) SP-Designer: a user-friendly program for designing species-specific primer pairs from DNA sequence alignments. Mol. Ecol. Res. doi: 10.1111/1755-0998.12116

スカイプで研究の打ち合わせ

今日はオーストラリアの研究者2人とちょうど1時間ほどスカイプで喋った。speaking力がかなり落ちてて、ぐったり。それでも直接喋ることによって雰囲気が伝わってとてもいい。 今回はじめて仕事でスカイプを使ったが、スカイプってやっぱり便利だ。特に外国…

研修など

先週は3日間連続で農水の研修。週末は神戸大学で開かれた電子顕微鏡の講習会に参加。昨日はJICAの研修生10人に英語で30分ほどプレゼン。 特に期待していなかった農水の研修がとてもよく、刺激を受けた。いろいろ得ることは大きかったが、体力的に疲れた。今…

チョウの産卵風景

一頭ずつプラスチックカップのなかで産卵させます。

evoldir

私はevoldirというメーリングリストに入っている。これは進化生物学関係の国際的なメーリングリストだ。これがいいのは、学会やシンポジウムの案内が、かなりマイナーなものまで届くので、いま世界中でどの分野がホットなのかがわかることと、ポスドクの募集…

カイコの卵に

少し前にお願いしていたのだが、今日は、別のユニットのかたにカイコの卵にチョウの共生細菌をマイクロインジェクションしてもらった。カイコの卵殻は非常に硬く、ふつうのやり方では針は通らない。タングステン針で穴をあけてから、インジェクションをし、…

採集

明日から南方の島で採集調査。数年ぶりなので個体群がどうなっているのか楽しみだ。梅雨入りしたとのことだったが、天気は何とか大丈夫そうで一安心。 今回の調査でなんとかデータに区切りをつけて論文にまとめられたらいいと思う。

ワレカラ

昨日はたくさんの人が研究室を訪れてくれました。頂いたのは、大量のオオグソクムシとワレカラ。Jさんと一緒に何か調べられるといいですね。 これはワレカラの1種。端脚類といってヨコエビの仲間らしい。いろんな生き物がいるものだなあ。まるでナナフシみた…

書くための英語

この本はすごく勉強になる。日本人が英語を書くときに多い間違いが徹底的に紹介されている。完全に間違っているとすぐにわかるものや感覚的に違和感がある場合が多いが、いままで自分が何回もやっちゃっていた間違いなども出てきて冷や汗もの。一通り目を通…

寄生虫による行動の操作

寄生虫が宿主の行動を操作している例はいろいろあるが、こんなものまで。 Smallegange RC, van Gemert G-J, van de Vegte-Bolmer M, Gezan S, Takken W, et al. (2013) Malaria Infected Mosquitoes Express Enhanced Attraction to Human Odor. PLoS ONE 8(…

プレゼン準備

明日のプレゼンの準備中。難しいなあ・・・。 できれば、今日中に終わらせたい。

Experimenting is optional; Thinking is mandatory

http://madison.exblog.jp/17726101/ とてもいい言葉だ。でも現実には逆になっているラボが多いんだろうな。 続きも。 http://madison.exblog.jp/17741960/

提出おわった

今日は研究所内の競争的研究費の申請締切日だった。 お昼の12時(Eメールによる提出)という締切がなぜかすごく厳重で、12時を1分でも過ぎたら本当に受け付けてくれないらしい。 メールの不調などがあると困るので、朝10時半ごろに出して、念のために確認の…

オオグソクムシ

深海に住むダンゴムシの仲間。体長は15センチぐらいかな。昨日の夜、Kさんが持ってくてくれました。お腹にひれひれがついていて仰向けになってうまく泳ぐ。

大発見ではなかった

最近、何気なくやった実験の結果が驚くようなものだったので大発見をしたのではないかとかなり興奮していたのですが、間違いでした。ああ、恥ずかしい・・・。

科研費

科研費、受かってました! 連絡が来ないからてっきり落ちたと思っていただけにとても嬉しい。難しいテーマではあるけど、チャンレンジしていって何とか確実なものをつかんでいきたい。

はじめてのマイクロアレイ

今日はじめてマイクロアレイという実験をやった。 っていうか、いつもやっている人にすべてお膳立てをしていただき、自分は言われるがまま試薬を混ぜ合わせるだけという状態でしたが、さっき一晩の温度処理(ハイブリダイゼーション)をセットしました。 明…